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日本在经济体制上实行的是以市场为基础的"政府导向型市场经济",推行财产私有、契约化和风险自担的原则，政府进行有效的宏观调控，大力发挥民间团体的领导作用，并实行终身雇佣、终身教育、职工参与、年功列序和提倡企业精神等激励机制，这些原则和机制都应用到医院管理之中。在医院领导体制上实行由院长、副院长领导下的诊疗部长、事务部长、护理部长组成的医院领导成员。 也有院长领导下，设诊疗部长、助理医疗部长、事务部长、护理部长、研究部长、药剂部长、营养部长七个部长的管理体制。院长必须是医师，除从事本专业外，主持医院全面工作，决定医院大政方针，掌握医院发展方向；副院长也应由专家担任，协助院长工作或兼任诊疗部长，在业务上有权威性，负担医疗、教学、科研工作，诊疗部下设若干个诊疗科；事务部长是医院的实际组织者，又称运营部长，全权负责医院日常管理人员，一般从各级卫生行政领导机构的官员中选派，也可从医院选调，事务部下设若干个事务科；护理部长负责全院护理工作，护理部长-科护士长-护士-准护士（又称预备护士）-护士助手自成指挥系统，呈垂直领导，其职责为当好医师助手、病人生活护理、专科技术护理、病房管理四大功能，全面推行分级分段护理制度（PPC）；大中型综合医院一般附设护士学校（初中毕业2-3年，再经大专2年，毕业后经国家考试合格注册才有护士资格）。 在人事制度上实行经专业技术考试和学历资历审查后择优录用，经半年试用期。厚生省规定，医院行政人员退休年龄为60周岁，医疗技术人员为65周岁。医院执行国家颁布的《工资法》，按职位定工资，一年奖励3次，每次30%人员，分A、B、C三级，一年中连获3次A级晋升工次1级。国家鼓励城市医生去农村工作，工资明显高于城市。高校医学生毕业后要作为研究生（称研修医）或医师助手临床培训5年，经医院评议会评审合格才能当正式医师，独立从事诊疗工作。医院经济管理体制可分为国立医院（厚生省或文部省、劳动福利事业团审批和拨款）、地方公立医院（由都、道、府、县、市、町管理的各种医院由地方补贴）、社团（全国社会保险协会联合会、国民健康保险团体、共济组合及其联合会）或私立医院（由兴办者提供资金，独立核算，自负盈亏，占日本医院数的64.1%、床位数的39.6%）。 在日本的国立医院中仅三分之一左右收支接近平衡，其余三分之二要政府补贴专项拨款。1960年起日本推行全民医疗制度，强行人人保险，对大部分病人支付70%-80%医疗费用，以及对残疾人轮椅、自助装置、假肢等支付100%辅助费用，因此医院一方面接受政府和兴办者的领导，另一方面受保险公司的影响较大。
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