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1、人员因素
员工内部控制管理意识的强弱对医院开展内部控制管理至关重要。首先，医院负责人的内控意识的强弱对医院发展的影响极大。如果医院负责人内部控制意识强，则内控管理水平高，对整个医院管理产生极其重要的影响，从而引起医院内部员工对于内部控制管理高度重视，医院的综合效益将得到极大提升。反之，如果医院负责人对内部控制管理不熟悉，缺乏内部控制理念，对内部控制管理不重视，会影响内部控制在医院中的实施，很难达到预期控制效果。其次，内控执行人员的业务素质及执行力度对内控效果影响也巨大。如果内控执行人员素质差，执行力弱，内部控制效果差；相反，如果内控人员素质高，执行中坚持原则，将产生极佳的效果。再次，财务管理人员专业素质高低与责任心强弱对内部控制影响极大。在内控管理中，财务人员责任重大，需要对涉及财务活动的整个内控流程进行全程把握，从而加强财务风险防范。如果财务人员能力差、责任心不强，就难以发现财务内控中存在的问题，财务执行可能难以到位，出现财务漏洞，可能引发财务违规风险；而财务人员业务能力强、综合素质高，有利于内控制度管理得以有效实施，从而加强内部防控，做好财务风险防范。最后，是全员参与问题。内部控制管理涉及医院整个业务运营活动，因此，需要医院全体员工根据各自职责全程参与，如果某个环节衔接不上，就有可能前功尽弃，导致内控管理不力，影响医院运营效率。
2、制度因素
制度是否健全与执行是否得力产生的效果息息相关。为了规范医院内部业务运行，就要必须制定并实施一系列制度，因为只有医院内部控制制度健全，管理措施得力，执行及时到位，才会极大地提升医院的运营效率；反之，医院的运营管理将可能出现混乱。例如在医院管理中，部分医院内控组织结构不完善，缺少相应的内审部门，有的虽然设置了内审部门，但其职能弱化，不能独立开展工作，从而影响着内控实施效果。部分医院财务部门人手不足，一人多职而责任不明，财务人员间缺乏有效的相互牵制；部分医院财务核算管理体系不健全，有的财产物资管理不严，有的存在资金安全隐患，存在着财务管理风险。此外，部门合作协调性与否对内部控制管理的影响也是巨大的。如果医院内部各个部门通力合作，这将形成强大合力助推医院发展；相反，如果部门之间互不配合、相互拆台，将会引起内耗，对医院的长远发展形成制约。
3、财务因素
财务业务环节也会对内部控制产生很大的效果。医院财务管理的范围很多，管理对象极为复杂，加强财务管理是医院管理的重点。在医院财务管理中，涉及对资金、资产和资源等的管理，它们在管理方式上有着很大差别，在内控上有着很大差异，而采取差异化的管理方式有利于提升医院综合实力。但部分医院比较重视资金管理，如注重收费管理，在政策上制定激励措施，保证收入目标完成，使医院获得预期的经济效益，而对成本控制管理不严，导致收入增长的情况下，而经济效益没有提升。同时，在管理过程中，忽视了资产和资源管理，资产配置不合理、资产利用率低。在资源利用方面没有进行资源整合，人力资源搭配不合理，如行政管理人员过多、行政成本较高、业务人员配置没有优化、人力资源利用效率不高，影响医院发展。
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