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医院对信息化认识不足，重视不够。在不少单位里，有部分管理者和财务人员对信息化有错误的认识，认为财务管理的信息化目的仅仅是为了减弱财务人员的工作强度，提高其劳动效率和增加信息输出的频率，而忽视了财务管理的信息化建设是医院整体信息化建设中重要的组成部分。 财务管理信息一体化程度低。财务管理信息化不是―个单一的IT系统，而是一个具有综合性、集成性的多系统组合，一般包括会计事务处理信息系统、财务管理信息系统、财务决策支持系统、财务经理信息系统以及组织互连信息系统5个部分。这5大系统各司其职，但密不可分。会计事务处理信息系统以账务处理、报表管理和日常会计事务处理为主，这个系统目前在医院中已经发展成熟，是财务管理信息化的基础。而对于其余涉及管理、控制职能的4个系统组成部分：财务管理信息系统、财务决策支持系统、财务经理信息系统以及组织互连信息系统，在医院中尚处于起步阶段，是医院实施财务管理信息化需要集中力量发展建立的关键。5大系统的建立以及相互之间的集成管理是财务管理信息化成功的标志。 由于医院目前的财务管理工作主要局限于会计核算，因此，缺乏将财务管理软件纳入信息系统的一体化综合化规划和规定。目前财务软件与窗口收费软件、物资管理软件、医疗保险软件的系统平台，处于各自独立的状态，数据没有得到共享，财务管理信息系统无法将所有信息统筹规划，形成了信息孤岛，下层的数据不能上传到上层，不能在各级之间共享，财务管理系统只是由独立的各个个体组成，还未形成综合性、一体性的管理系统，因此医院在财务信息方面资源利用率也较低。 软件应用重复现象严重。财务统一管理与标准化建设的原则没有得到很好的贯彻，仍然存在着建设分散、标准分散的问题。由于没有做到数据的充分挖掘和利用，数据采集、处理口径不一，各子系统移植性较低。
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