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一、管理层和实施层对财务信息化建设重视不够，影响了财务信息化建设的推动 财务信息化建设是对医院管理制度、医疗业务流程的一次革新，财务信息化建设全面提高医疗服务质量及效率，使公立医院适应全球信息化大趋势。一些医院管理者受传统观念影响，加上知识结构不全面，片面认为医院财务信息化建设就是购买一些财务软件，可有可无、可多可少，加之财务信息化建设需要投入大量的资金、配备相应的人员，与门诊楼改扩建、增加病房床位、采购大型医疗设备相比，直接经济效益并不明显，因此在财务信息化建设上并不积极。另外，一些经验丰富的老会计从事会计工作几十年，习惯了用手书写票据，用计算器计算数据，对操作电脑、上网等技术并不熟悉，或多或少会对财务信息化不理解，甚至抵触，医院一些老专家一直延续用手书写病历和医嘱的习惯，他们也不愿意使用带有财务信息化功能的公立医院综合信息化系统，由于他们德高望重，可以直接影响决策，这会对医院财务信息化建设形成较大的制约。 二、复合型高层次财务信息化人才不足，阻碍了财务管理信息化工作的应用 一方面，对于财务信息系统而言，财务部只负责记账，不负责系统的管理和维护，由信息部门负责系统的日常管理和维护，而信息部门人员没有财务知识背景，仅仅只能负责系统的软硬件维护，这导致系统的设置与实际财务需要相脱节，在实际财务运算中不能发挥作用，甚至影响了财务管理的正常进行。另一方面，大多数医院的会计人员，从原先均是从事手工操作，由于电脑知识比较贫乏，即使他们已经接受了相关培训，但在实际操作过程中，离信息化业务水平要求还有一定的差距。虽然在使用系统软件的初期，在软件公司专业人员的指导下，他们掌握了简单的凭证录入工作，但一旦计算机软硬件出现异常，就束手无策。只有等到软件公司的专业人员来，进行维护后才能开展工作，这大大降低了工作效率，增加了工作的成本。此外，医院财务管理信息化建设要求不仅能操作应用系统，还要对系统进行延伸使用。能对数据进行分析，提升信息系统对医院的辅助管理能力。否则即使软件功能很强大，但不能充分运用也形同虚设。因此医院财务管理信息化建设的水平与人才息息相关，财务管理信息化建设需求，既要熟悉财务管理，又要精通计算机技术的复合型人才。
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